Un lien à travers les voies ferrées (que je préférerais par-dessus plutôt que par dessous, histoire de ne pas avoir un "derrière les voûtes" dans le quartier "derrière les voûtes"

) est indispensable. A minima, il faut un passage au droit du débouché du pont Pasteur (ton souterrain "vert" donc), pour limiter les détours en venant de Gerland et du Pont de la Mulatière.
Dans l'optique de la réalisation d'une gare TER pas trop loin du pôle de loisirs, on peut envisager que cette gare débouche à la fois :
-côté nord, sur la rue Montrochet ou pas loin ;
-et côté sud, via un passage souterrain ou une passerelle permettant la jonction entre les Docks et le cours Charlemagne.
L'intérêt d'une station intermédiaire entre Montrochet et Musée des Confluences, en revanche, est discutable : ça fait certes une interstation un peu longue (par rapport à Suchet - Ste Blandine par exemple), mais je ne suis pas certain qu'il soit nécessaire de placer une station ici, d'autant que, sauf création d'un lien optimal avec les Docks (justement), elle ne desservira pas grand-chose de plus que les deux stations encadrantes...