J'aurais dû dire :
"Si les bus diesel sont montrés du doigt aujourd'hui (à Paris, par exemple), ce n'est pas que pour les émissions de gaz à effet de serre mais aussi pour les particules." 
En effet, le diesel émettrait moins de CO2 qu'un moteur essence équivalent. Ce serait dû au fait qu'à consommation équivalente, le diesel produirait plus de CO2 mais que l'écart de consommation avec l'essence serait finalement en sa faveur (ce qui fait dire à certains que dans les dernières années, le bonus-malus pour l'achat de voitures neuves se basant uniquement sur les émissions de gaz à effet de serre, il a continué à favoriser le diesel au détriment de l'essence).
Avec du gaz fossile, le GNV est bon pour ce qui est particules et NOx... mais pas pour les gaz à effet de serre. On parle d'émissions supérieures. Et il n'y a pas de gains non plus, semble-t-il, sur le bruit.
Mais on ne parle que de gaz fossile. Or on peut produire du biogaz à partir de végétaux. Si c'est à partir de cultures dédiées, on a le même problème que les agrocarburants ou l'éthanol : un risque de culture intensive (avec ce que ça sous-entend en matière de pesticides) et une concurrence possible avec l'agriculture vivrière. Heureusement, les projets dont j'ai entendu parler en France reposent sur des déchets.
Si on fait du biogaz à partir de déchets, il faut aussi s'interroger sur leur transport. Pour caricaturer, si on fait venir des déchets de l'autre bout du monde en avion, ça n'a pas trop d'intérêt. Heureusement, les projets dont j'ai entendu parler reposent sur des déchets locaux.
Sous réserve qu'on ait donc du biogaz produit à partir de déchets locaux, tout (ou presque) ce qui est émis lors de la circulation des véhicules est effacé. Le bilan global des émissions de gaz à effet de serre est donc exceptionnel (et dans ce cas, supérieur)... mais il n'y a pas que ça ! Comme on l'a dit, le gain sur le plan du bruit semble limité et même si elles sont effacées au global, il y a quand même des émissions.
On voit donc apparaitre des stratégies qui cherchent à mettre le maximum d'électrique dans les espaces les plus pollués et les plus denses pour limiter le plus possible l'exposition au bruit et aux pollutions. Pour les secteurs moins denses, le GNV avec une consommation (indirecte) de biogaz issu de déchets locaux est une solution très bonne et économique (le potentiel global sur le plan financier est, à terme, meilleur que le diesel... sans même compter d'éventuelles augmentations du gazole ou un durcissement des règlementations Euro qui renchérirait encore le coût d'acquisition du diesel au point de devoir passer impérativement à l'hybride).
C'est cette stratégie, j'ai l'impression, que suit Paris.
Pour l'électricité, le bilan global des émissions de gaz à effet de serre entre électricité produite à partir du charbon et moteur essence/diesel doit être relativisé sur un point : lorsque des véhicules fonctionnent avec du pétrole, ils peuvent circuler majoritairement dans des espaces habités (j'ai la flemme de le vérifier mais ça semble intuitif). Déplacer la pollution peut être intéressant parce que si elle est située sur des espaces moins habités, elle peut (à étudier) impacter moins de personnes ou, dans tous les cas, il est nettement plus facile de développer des solutions techniques efficaces et proportionnellement plus économiques sur un seul gros "pot d'échappement" que sur des centaines de milliers.
Mais je n'ai aucune référence scientifique pour le confirmer.
En attendant, RDV sur les traces du FOL: 
posent la question du sérieux des informations données par les journaux spécialisés ! 
Ceci dit, je trouve, comme toi, nécessaire de rappeler à la population qu'un bus, ça pollue plus qu'une voiture... mais ça peut transporter dans des conditions correctes plus de 60 personnes, ce qui n'est pas le cas d'une voiture... 
l'énergie mécanique de l'eau étant également utilisable pour la compression du gaz dans les bonbonnes.