Salut,
Les pistes qui ont été suggérées ici sont intéressantes :
1. continuer à travailler sur la lisibilité des services de soirée (notamment 00h00 pour toutes lignes qui partent dans ces eaux-là)
2. transformer les HLP de retour au dépôt en service spécial
3. faire converger les fins de service des bus avec celles des modes lourds (métros et trains*)
4. changer la dénomination de "lignes de nuit"
5. pour tenir compte de l'offre de services/loisirs de nuit, voire les contraintes de travail, repousser les derniers départs (en relation avec le 3.). ça peut se voir avec "l'espace des temps" du Grand Lyon qui travaille là-dessus.
6. adapter les lignes de nuit ("Pleine Lune") pour inclure les travailleurs de nuit. Idem que 5. : ça peut se voir avec "l'espace des temps".
Je ferais juste remarquer un truc qu'on risque d'opposer, c'est la poule et l'oeuf.

Si les derniers retours, au lieu d'être HLP, sont effectivement des services, les gens qui les prendront n'auront pas le métro au bout du compte.

Il faudra donc se fixer une limite. C'est probablement la même logique qui explique les écarts entre les lignes. Puisque les rames de T1 sont remisées à Saint-Priest, même si le dernier départ de T1 se faisait effectivement depuis l'IUT Feyssine à 00h00, la ligne T2 aurait au moins un dernier départ de Perrache vers 00h50 (si on ne fait pas de HLP). Bref, on pourrait, en deuxième partie de cette réflexion, faire des propositions plus précises.
Sinon, pour les services de nuit, je pense qu'il vaut mieux explorer les transports à la demande (TAD) que les lignes régulières. C'est certainement moins coûteux et moins risqué financièrement... et socialement !

Pour la question des noms et des indices, je pense qu'il vaudrait mieux moins se compliquer la vie. Les "lignes de nuit" deviendraient "lignes de soirée". Les lignes "Pleine Lune" garderaient leur nom. Les gens les appelleront spontanément "lignes de nuit" de toute façon et il n'y a apparemment pas de confusion d'indices de la part des usagers.
Enfin, pour la question des navettes, il pourrait être là aussi intéressant d'en faire des TAD. Leur vocation est souvent sociale : relier les quartiers d'un arrondissement ou d'une commune afin de permettre, par exemple, à des petits vieux de se rendre au marché. C'est typiquement ce genre de service public que le TAD peut assurer efficacement à moindre coût.
A +
Amaury
* Les lignes rabattant uniquement sur le tram (et a fortiori sur les lignes Cx) étant très rares. d'ailleurs, y en a-t-il en soirée ?